简单网页版IGV

一个基于igv.js实现的python脚本
来源：简书 - xuzhougeng

当我想查看软件运行结束后得到的BAM, BigWig, BED和GTF文件时，我都需要先把他们下载到本地，然后用IGV打开。每每这个时候，我就会非常痛苦，因为我懒得下载。

为了解决这个问题，我根据igv.js写了一个Python脚本，输出一个网页，然后通过利用Python的网页服务器打开一个端口，直接在网页上进行查看。

代码详见：igv_web.py

运行：

python3 igv_web.py -r ref/genome.fa -m bam/*.bam -b bed/feature.bed

python3 -m SimpleHTTPServer 9999

另：本人编写的R包tinyfuncr也有对igv.js的包装，且支持更多的功能